Pierwszymi mieszkańcami terenów nad Wełtawą, były osiedlające się tu od ok. 500 roku p.n.e., plemiona celtyckie. Zostały one stopniowo wyparte przez napływający pomiędzy IX a VI wiekiem p.n.e germański lud Markomanów. Pierwsze plemiona słowiańskie przybyły na te tereny ok. 500 roku. Walki o dominacje doprowadziły ok. 800 roku do władzy dynastię Przemyślidów, którzy założyli tu miasto. Wznieśli oni dwie warowne osady : Zamek Praski i Wyszehrad. Od 973 roku Praga była siedzibą pierwszego biskupstwa na tych terenach, podległego metropolii mogunckiej. Szczególny rozkwit miasto osiągnęło za rządów Karola IV. Założył on tu pierwszy w środkowej Europie uniwersytet – Carolinum. W roku 1344 praskie biskupstwo zostało podniesione w hierarchii kościelnej do rangi arcybiskupstwa. Od 1526 pozostawało pod rządami Habsburgów, jako jedna ze stolic ich monarchii. W 1419 roku miała tam miejsce słynna defenestracja katolików (wojny husyckie), zaś w 1618 roku podobne wydarzenie (wyrzucenie przez okno namiestników cesarza) stało się bezpośrednią przyczyną wojny trzydziestoletniej. W wyniku klęski czeskich protestantów pod Białą Górą w 1620 Praga jako stolica Królestwa Czeskiego traci swoje znaczenie i na długie lata pozostaje w cieniu Wiednia. W tym też okresie społeczność niemieckojęzyczna odgrywa w mieście (niem. Prag) rolę dominującą, zaczęło się to zmieniać dopiero w XIX wieku, podczas czeskiego odrodzenia narodowego.
W 1848 roku powstanie (w czasie Wiosny Ludów). Pod koniec XIX wieku wybudowano wiele reprezentacyjnych budynków; powolne odzyskiwanie znaczącej pozycji w monarchii Habsburgów. W tym czasie miasto było już dwujęzyczne, a Czesi i Niemcy funkcjonowali praktycznie równolegle (podwójne – czeskie i niemieckie – były uczelnie, teatry itp.).
W 1918 stolica nowo utworzonej Czechosłowacji. W latach 1939-45 okupowana przez Niemcy, wyzwolona w 1945. W 1968 roku główna arena praskiej wiosny. W roku 1993 po odłączeniu się Słowacji, miasto zostało stolicą Republiki Czeskiej. Obecne motto Pragi to Praga Caput Rei Publicae (wcześniej: Praga caput regni).